В декабре 1994 года глава Яковлевского района А.В. Турьянский издал распоряжение о создании в пос. Строитель историко-краеведческого музея как центра научно-просветительской работы по краеведению для населения  Яковлевского района.

Под вновь создаваемое учреждение – музей было выделено одноэтажное здание (пристройка к жилому дому), произведена перепланировка и ремонт помещения.

Первый директор районного историко-краеведческого музея Яковлевского района (городского округа) Стрельников Кирилл Никитович возглавлял музей с января 1996  по февраль 2000 года.

С февраля 2000 года по июль 2004 года музей возглавлял Сколозуб Василий Петрович. С августа 2000 года в музей был принят научный сотрудник Кокина Ольга Владимировна, которая в июле 2006 года была назначена директором музея. С сентября 2014 года директор музея —  Капустина Асият Малильевна. С апреля 2020 года директор МКУК «ИКМ» — Новикова Елена Ивановна.

В период с 2000-2005 гг. в музее проводилась работа по составлению тематико-экспозиционного плана, были начаты художественно-монтажные работы по воплощению проекта. Ведущим художником, разработчиком художественной концепции музея стал член Союза художников Бондарев Юрий Иванович.

Непосредственное участие в разработке научной концепции, ТЭП, музейных комплексов, а также в формировании музейных коллекций принимал участие авторский коллектив БГИКМ под руководством Т.В. Васильевой и В.В. Романенко.

В стадии разработки научной концепции была проведена большая научно-исследовательская работа по выявлению документальных свидетельств по истории района, его людях. Были сделаны запросы в областной и Курский архивы, большая помощь в подборе документов и ксерокопировании при создании экспозиции была оказана администрацией БГИКМ и отделом фондов. Были организованы совместные поездки по району с целью комплектования фондов будущего музея.

Оборудование в музей для залов: вводного, природы и истории было изготовлено в г. Алексеевка на мебельной фабрике и установлено слесарями-сборщиками этой фабрики.

Разработку экспозиционных комплексов вводного зала помогала делать Ивашина Нонна Николаевна. Разработку зала природы — Алексеева Евгения Ивановна.

Осенью 2002 года открылись два зала музея для посетителей. Ребята и гости музея могли познакомиться с символикой района и области, узнать об истории создания района, его наградах, статистическими показателями работы тружеников района, прослушать рассказ о перспективах развития района.

Зал природы получился ярким и содержательным. В нем нашли отражение флора и фауна Яковлевского района. Дети получают научную информацию об особенностях геологии, почвенных, климатических условиях нашего края, полезных ископаемых и способах их добычи, охране природы и особо охраняемых природных территориях. Особое внимание уделяется вопросам экологии, благоустройства, бережному отношению к природе. В зале природы представлены чучела зверей и птиц, изготовленные М.А. Коломыченко, В.В. Пьянковым. Была закуплена энтомологическая коллекция. В создании биогрупп и витринных комплексов принимал участие художник Виктор Леонидович Соин.

Раздел экспозиции «История края с XVII в. – нач. XX в.» историко-краеведческого музея Яковлевского района курировала Васильева Тамара Владимировна. Для посещения первая часть зала была открыта осенью 2003 года.

Раздел делится на 4 основные темы: освоение края, крестьянское хозяйство и быт, социально-экономическое развитие края XVII — н. XX вв., вклад выдающихся земляков в русскую культуру. Из фондов БГИКМ были взяты копии документов XVII века, изготовлены художником Ю.И. Бондаревым карты, схемы, рисунки пеших и конных воинов, рисунки из Никоновской летописи, копии листов со скорописью XVII века. Были приобретены реконструкции кольчуги и бердыша, эта витрина дополнена археологическими находками — ядром и наконечниками стрел. Этот материал размещен на выгородке и во встроенной витрине с подсветкой.

Комплексы «Земледелие», «Ремесло и промыслы» представлены  земледельческими орудиями труда, подлинными деревянными изделиями рубежа XIX- XX веков, гончарными изделиями, образцами ткачества, столярными инструментами. Иконы, образцы рисунков богомаза из с. Томаровки А.Г. Косовцова (конец XIX – 1943 г.) представляют иконописный промысел. В данном комплексе присутствуют предметы мебели из дома иконописца, хронолитографии XIX века.

Отдельно представлен яковлевский народный костюм, который отличает разнообразие цветов и форм. Коллекция костюма постоянно пополняется. В фондах хранится мужской костюм, разнообразные платки и шали, а также разного вида шерстяные вязаные и тканые пояса. Собрана коллекция рушников, настольников и образцов вышивки мастеров – жительниц района.

Вторая часть зала подготовлена к экспозиции в ноябре-декабре 2005 года. Она создавалась под руководством члена авторского коллектива БГИКМ Комаровой Елены Михайловны. Авторский надзор выполнял Ю.И. Бондарев, а исполнителями были художники В.Н. Фомин, В.Л. Соин.

В этом зале разместились комплексы о знаменитых земляках. Комплекс о М.С. Щепкине оформлен с элементами театрального стиля. Идея такого решения была предложена О.В. Кокиной. В комплекс вошли цветные ксерокопии картин К. Трутовского, фотографии зданий, выполненных архитекторами братьями И. и Н. Ефимовыми, листы из подарочного альбома о М.С.Щепкине. Далее экспозиция строится по хронологическому принципу. Очень интересен комплекс о наших земляках — участниках восстания на броненосце «Князь Потемкин-Таврический», много подлинников представлено в комплексах о I Мировой войне, коллективизации и ликвидации безграмотности. Был проведен поиск документов в Белгородском архиве, сделаны запросы в Санкт-Петербург и Севастополь. В комплексы вошли выписки из архивов, датируемые началом XX века, подлинные фотографии участников исторических событий из семейных архивов, подлинные предметы: довоенные книги, учебники, мебель. С интересом воспринимаются комплекс о прапорщике Д. Серебрянском, интерьерный уголок дома учительницы Ф.В. Петровской  из с. Сажное (1891-1963 гг.), о первом председателе колхоза с. Кустовое Т.Г. Свищеве. Все собранные экспонаты были подарены бескорыстно музею жителями района.

Большая работа была проделана при разработке зала современной истории. Здесь представлены комплексы, посвященные Великой Отечественной войне, послевоенному становлению района, началу образования района и города, советскому периоду и современному развитию района. Нашли отражение темы образования, здравоохранения, культуры, почетных граждан района, Героев Социалистического труда.

Выставочный зал музея используется для проведения научно-просветительной работы. Он постоянно занят различными выставками. Для него было приобретено специальное оборудование: выставочные стенды, вертикальные и горизонтальные витрины, установлены стационарные подвески для картин.

11 января 2007 года районный музей приобрел статус самостоятельного юридического лица и стал называться муниципальное учреждение культуры «Межпоселенческий историко-краеведческий музей Яковлевского района». На основании Постановления главы администрации муниципального района «Яковлевский район» Белгородской области № 950 от 19 декабря 2011 года он был переименован в муниципальное казённое учреждение культуры «Историко-краеведческий музей Яковлевского района».

При МУК МИКМ района до 2011 года действовало обособленное подразделение – филиал №1 «Алексеевский поселенческий историко-театральный музей М.С.Щепкина». С 2011 года он приобрел статус юридического лица и стал называться муниципальное казенное учреждение культуры «Историко-театральный музей М.С. Щепкина».